La Commission d'enquête sur le programme de commandites et les activités publicitaires ou Commission Gomery est nommée par le gouvernement de Paul Martin le 19 février 2004. Le juge de la Cour supérieure du Québec, John Gomery est le seul commissaire désigné pour faire enquête sur l'utilisation abusive de fonds par le programme fédéral de commandites.

Créé en 1996 par le gouvernement du premier ministre Jean Chrétien après que le camp fédéraliste a presque perdu le référendum québécois de 1995, le programme de commandites a pour mission de faire la promotion du fédéralisme dans la province par de la publicité lors d'événements communautaires, culturels et sportifs. Jusqu'en 1999, le programme est administré par Chuck Guité, un fonctionnaire de Travaux publics et Services gouvernementaux. À court de personnel, Guité donne en sous-traitance plusieurs contrats à des firmes privées de publicité. De la création du programme à 2002, les dépenses de commandites se chiffrent à plus de 40 millions de dollars chaque année.

En mars 2002, le Globe and Mail rapporte que le gouvernement a payé 550 000 $ à Groupaction Marketing Inc. pour un rapport que personne ne peut retrouver. Le gouvernement réagit en demandant à la vérificatrice générale, Sheila Fraser, d'examiner les transactions effectuées avec Groupaction. En mai, elle annonce que des hauts fonctionnaires ont enfreint presque toutes les règles en accordant des contrats à la firme. Elle remet le dossier de Groupaction à la GRC et entreprend une vérification de tout le programme des commandites. Après avoir suspendu temporairement le programme, le gouvernement Chrétien décide que les commandites à venir seront accordées non plus par des firmes privées, mais par des fonctionnaires qui devront suivre de nouvelles directives.

Dès son arrivée au poste de premier ministre en décembre 2003, Paul Martin prend ses distances par rapport au scandale. Il abolit le programme de commandites, établit de nouveaux contrôles sur les dépenses du gouvernement et décide que le gouvernement poursuivra les individus et sociétés qui ont surfacturé les services fournis au gouvernement. Il congédie Alfonso Gagliano, le ministre des Travaux publics du gouvernement Chrétien et le ministre responsable du programme, de son poste d'ambassadeur au Danemark. Le rapport de la vérificatrice générale est déposé en février 2004 et démontre que le gouvernement a payé plus de 100 millions de dollars à des agences de communication pour très peu ou pas de services. Martin crée la Commission Gomery afin de faire la lumière sur la mauvaise gestion du programme en disant qu'il est « furieux » et déterminé à faire en sorte que les coupables soient punis. Malgré les efforts de M. Martin, le Parti libéral subit une baisse de popularité. Lors de l'élection de juin 2004, son gouvernement se retrouve minoritaire à la Chambre des communes.

La Commission Gomery tient des audiences publiques du 7 septembre 2004 au 17 juin 2005 et entend 172 témoins. Les témoignages confirment la conclusion de la vérificatrice générale qui affirme que des firmes de publicité ont soumis des factures pour du travail non exécuté. Des témoins rapportent également qu'on a demandé à des sociétés de faire des contributions en argent à l'aile québécoise du Parti libéral fédéral et de mettre des travailleurs libéraux sur leur liste de paye. Chrétien témoigne devant la commission en février et défend l'importance du programme dans les efforts du gouvernement pour accroître la visibilité du fédéral au Québec. Il reconnaît que des erreurs ont été commises et il insiste pour que ceux qui ont agi de façon à en tirer profit soient punis par la justice. Martin, qui était ministre des Finances dans le cabinet Chrétien témoigne quelques jours plus tard et nie toute participation dans le programme. C'est la première fois depuis plus d'un siècle qu'un premier ministre en poste témoigne lors d'une enquête publique.

Alors que les témoignages continuent à salir l'image du gouvernement, l'opposition parlementaire tente de provoquer une élection immédiate. En avril 2005, dans un effort pour éviter la défaite de son gouvernement, Martin promet, à la télévision nationale, qu'une élection aura lieu moins de 30 jours après la publication du rapport final de la commission.

Publié le 1er novembre 2005, le premier rapport Gomery insiste sur l'utilisation abusive de fonds à l'intérieur du programme des commandites. Selon le juge, Chuck Guité gérait le programme à sa guise, distribuant des contrats sans appel d'offres, encourageant la surfacturation et l'utilisation de fausses factures pour récompenser des sociétés proches du Parti libéral. Ses ordres ne venaient pas de ses supérieurs de la fonction publique, mais de deux maîtres politiques qui ont contourné la voie hiérarchique : Alfonso Gagliano, le ministre des Travaux publics, et Jean Pelletier, le chef de cabinet du premier ministre. Lors des audiences, les deux hommes déclarent qu'ils ont à peine conseillé Guité. Gomery conclut qu'il s'agit d'un non-sens. L'expression d'une opinion à un fonctionnaire subalterne par le chef de cabinet du premier ministre correspond à un ordre.

Le rapport Gomery indique que l'aile québécoise du Parti libéral fédéral a reçu des contributions illégales de la part d'individus impliqués dans le programme des commandites, comme Jean Brault, le président de Groupaction. Le personnage principal est Jacques Corriveau, un membre influent du parti qui s'est enrichi personnellement et a procuré des fonds et des bénéfices au parti. Gomery ne peut préciser les sommes qui sont retournées au Parti libéral, plusieurs des dons ayant été faits en argent comptant et non documentés. Aucune preuve n'incrimine Chrétien ou Pelletier dans ce complot.

Bien que Chrétien ne soit pas impliqué directement dans le scandale, le juge Gomery conclut qu'il doit en porter une certaine responsabilité puisque le programme des commandites émanait directement de son bureau. Martin est exonéré de tout blâme puisque son rôle de ministre des Finances n'impliquait pas la supervision des dépenses des autres ministères.

Martin réagit au rapport en promettant que le Parti libéral va rembourser 1,14 million de dollars au trésor fédéral et en bannissant du Parti libéral dix individus reliés au scandale, incluant Gagliano et Corriveau. Ces mesures n'empêchent pas la perte de soutien au Parti libéral, particulièrement au Québec. Moins d'un mois après la sortie du premier rapport, les partis de l'opposition se rallient à la Chambre des communes pour faire basculer le gouvernement Martin et forcer la tenue d'élections générales. Les libéraux sont défaits lors du scrutin du 23 janvier 2006.

Le second rapport Gomery est livré à Martin le 1er février 2006, quelques jours après sa défaite comme premier ministre. Le rapport contient des recommandations sur la façon de restructurer le gouvernement afin de prévenir l'utilisation malveillante de fonds publics. Ces propositions incluent d'accorder plus de pouvoir et de financement aux comités parlementaires afin d'offrir un meilleur contrôle des dépenses gouvernementales, de limiter l'influence des agents politiques et d'exiger que les fonctionnaires documentent leurs recommandations et leurs décisions. Le premier ministre suivant, le chef du Parti conservateur Stephen Harper, fait campagne en proposant ses propres moyens de renforcer le contrôle des dépenses gouvernementales. Il fait l'éloge du rapport, mais ne va pas jusqu'à affirmer que son gouvernement mettra en œuvre ses recommandations.