Les réalisations de Mountain sont pourtant importantes. Pendant son épiscopat, 60 églises sont construites, dont une cathédrale de pierre à Québec. Il appuie énergiquement les revendications de son Église à l'égard des RÉSERVES DU CLERGÉ. Entre 1815 et 1825, période de forte immigration, il ouvre 35 missions. Le nombre de ses prêtres passe de 9 à 60 et il peut augmenter leur maigre rétribution. Il préconise un nouveau système scolaire dans le Bas-Canada et obtient une charte pour l'U. McGill. Dans des conditions difficiles, il effectue huit voyages ardus dans les deux Canadas, se rendant jusqu'à Sandwich (Windsor).
Prédicateur remarquable, Mountain est respecté par ses collègues du Conseil exécutif et du Conseil législatif du Bas-Canada, avec qui il n'est pas toujours d'accord. Il n'échappe pas toujours aux critiques : la hiérarchie catholique voit d'un mauvais oeil ses efforts pour accroître le statut de son Église; plusieurs gouverneurs et ministres des Colonies trouvent exigeantes ses demandes répétées; et certains membres de son clergé trouvent même qu'il serait plus à sa place à la tête d'un diocèse anglais que comme évêque dans une colonie. Tout de même, grâce à l'appui du clergé et des laïcs, du gouvernement et surtout de la Society for the Propagation of the Gospel, il dote son Église de fondements solides sur lesquels ses successeurs pourront s'appuyer, notamment son fils George, qui deviendra évêque de Montréal et troisième évêque de Québec.