L'Alliance canadienne est fondée lors d'un congrès organisé à Ottawa en janvier 2000 par les survivants de l'ancien Parti réformiste du Canada. Son objectif est la consolidation de l'option conservatrice face au Parti Libéral. Le programme politique établi alors contient notamment un impôt fixe sur le revenu de 17 p. 100 pour tous les Canadiens, l'équilibre obligatoire des budgets, le remboursement de la dette et l'appui aux principes conservateurs de « libre entreprise », « familles solides » et « rues et frontières plus sûres ». En juillet 2000, à la surprise générale, Stockwell Day, homme politique très connu de l'Alberta, évince Preston Manning et devient le premier chef de l'Alliance canadienne. Toutefois, ni le parti ni le chef ne sont prêts pour les élections prévues à peine quelques mois plus tard. La consultation du mois de novembre fait gagner des sièges à l'Alliance (outre ceux de l'ancien Parti réformiste). Il en remporte 66, ce qui lui permet de conserver le statut d'Opposition officielle acquis par le Parti réformiste, face aux Libéraux qui ont remporté la victoire avec 172 sièges. Malgré ces gains, beaucoup de militants sont déçus par la performance du parti. Au cours des mois suivants, la crédibilité de Day et celle du parti se dégradent rapidement dans le contexte d'une poursuite intentée contre Day alors qu'il était en politique provinciale et d'une série d'autres erreurs politiques. La dissension croissante relative à la direction du parti par Day provoque le départ soudain de plusieurs députés de la réunion de l'Alliance au printemps 2001. En juillet, Day présente sa démission. Il tente ensuite de relancer sa carrière politique en posant sa candidature pour la prochaine course à la direction, mais cette tentative échoue. Le 20 mars 2002, Stephen Harper est élu chef de l'Alliance canadienne.

Le parti se consolide sous la direction de Harper. Le chef du Parti Progressiste Conservateur, Joe Clark, espère que l'effondrement de l'Alliance donnera un nouvel élan à son parti, qui bat de l'aile.

La démission de Clark, en août 2002, ouvre la voie à la conciliation des deux partis de la droite canadienne. Peu après sa rentrée en fonctions en tant que chef du Parti progressiste conservateur, Peter MacKay entame des négociations secrètes en vue d'une fusion. En octobre 2003, MacKay et Harper annoncent qu'ils sont arrivés à un accord de principe sur la fusion de leurs partis respectifs; le 5 décembre 2003, 96 % des membres de l'Alliance votent en sa faveur. Le lendemain, le Parti progressiste conservateur tient une consultation semblable qui donne les mêmes résultats. Le 8 décembre, Harper et MacKay annoncent la création d'un nouveau parti, le Parti Conservateur du Canada. L'Alliance canadienne n'existe plus.